以下绝大部分资料来自游戏的预告片和E3试玩版的影象，个人多加进去的剧情只是为了衔接。所以本文决非纯粹的YY，如果有谁觉得偶这篇东西写的垃圾的话，那么就请斑竹在24小时内让它消失吧------由于小岛这家伙脑袋里的鬼点子N多，所以偶也不能保证正式游戏里的剧情就是这个样子。所以本文仅仅是猜测+讨论。
19??年 THE BOSS参加二战,领导特种部队并最终取得了胜利
19??年 JACK出生,即为日后的BIG BOSS
1945年 二战结束,世界逐渐分裂为东西方两大势力,冷战开始
19??年 美国为了应付冷战的谍报任务,THE BOSS成立了特种部队FORCE OPERATION X,简称FOX UNIT.
19??年 苏联为了应付冷战的谍报任务,成立了特种部队HOUND UNIT
19??年 TOM少校加入FOX UNIT
19??年 JACK加入FOX UNIT,代号为SNAKE,THE BOSS将CQC技术传授给SNAKE.
1960年 ?月??日 索科洛夫博士在苏联采利诺亚斯克山区的OKB-754研究所开始进行代号为"SHAGOHOG"的关于METAL GEAR的研究
?月??日 GRU的上校对METAL GEAR开始感兴趣,并准备通过METAL GEAR进行叛乱,以次来实现自己的政治野心
1961年 8月13日 柏林墙开始修建,标志着冷战进入白热化阶段
5月??日 美国派遣特种部队进入越南,越南战争逐渐开始
1962年 7月 古巴导弹危机开始
12月6日 古巴导弹危机结束
1963年 ?月??日 METAL GEAR的主体开发完成,并被制造出来,武器系统仍然在开发之中,索科洛夫博士对于METAL GEAR的巨大威力产生了恐惧
?月??日 GRU上校准备叛乱,目标为夺取METAL GEAR,野望开始---
1964年 8月??日 THE BOSS来到苏联,带来了两颗自带手持发射装置的微型核弹头
8月24日 叛乱行动的风声传到了索科洛夫博士的耳朵里,他向美国提出求救,SNAKE临危授命,TOM少校和空军护理(PARA-MEDIC)小姐乘坐搭载了富尔顿地对空回收系统的C-130运输机，到达诺亚斯克山区上空.SNAKE 临危授命, 与另外一不名人物分别使用HALO式跳伞空降到诺亚斯克山区,但由于落地时被树支挂到了一个伞包,因此丢失了绝大部分装备.SNAKE降落到地面后正式开始"正义作战行动(COMMENCING VIRTUOUS MISSION)",任务目标为确保索科洛夫博士的安全并将其成功带回来.一旦METAL GEAR开发完成，富尔顿地对空回收系统会将其安全带回。
SNAKE成功潜入到由苏联常规部队保护的索科洛夫博士的研究所,索科洛夫博士烧掉了METAL GEAR的设计图纸, 并向研究所守军通知了GRU准备武装夺取研究所的消息,这时OCELOT率领SPETSNAZ山猫小队突然到达研究所,SNAKE被迫与苏联守军一起战斗,苏联守军被全灭,但OCELOT在准备杀掉SNAKE的时候手枪突然卡壳,SNAKE趁机使用CQC将山猫小队全灭,THE BOSS暗中帮助SNAKE发射麻醉枪打倒了一名士兵，SNAKE对OCELOT说:"你的战斗技巧完全是为了左轮枪准备的"，在SNAKE走后THE BOSS与OCELOT会面并向其说出了自己希望投靠苏联的愿望。
GRU部队奇袭OKB-754研究所，夺取了METAL GEAR，其余的生还人员全部被困在研究所以内。
SNAKE将索科洛夫博士带到OKB-754研究所附近，并发现上校已经夺取了METAL GEAR，正准备离开时在一座吊桥上遇到了带着头带的THE BOSS和上校，THE BOSS将SNAKE打成重伤后故意将SNAKE扔入河中，给SNAKE留了一条生路，并将自己的头带交给了SNAKE用来包扎伤口，索科洛夫博士被GRU带走。
GRU上校不顾OCELOT的阻拦，在M-24直升机上将一颗微型核弹发射到OKB-754研究所，将所有此次事件的知情者完全蒸发，并用5架M-24直升机将METAL GEAR吊走，SNAKE目睹了这一切
TOM少校不顾上级长官的阻拦，毅然驾驶运输机营救SNAKE，但也因此给GRU留下了证据，SNAKE的个人档案关闭，官方认为由于“正义作战行动”彻底失败，SNAKE已经在那次行动中死亡。
核爆事件惊动了苏联，总理赫鲁晓夫开始调查此事。GRU谎称此次时间为美国所为，并拿出了证据。METAL GEAR改由GRU护卫，上校的初步目标达成。
？？月？日 赫鲁晓夫向美国总统约翰逊通电，约翰逊向赫鲁晓夫解释了THE BOSS携带两颗微型核弹头投靠苏联的事情。但未能成功说服赫鲁晓夫，赫鲁晓夫毅然决定将部队进入最高战备状态，准备发动末日决战。
？？月？日 SNAKE的代号改为NAKED SNAKE，并在脸上涂了骷髅涂彩。雷鸟轰炸机成功绕过苏联雷达的检测和MIG-21战斗机的巡逻，将SNAKE乘做的D-21型单人飞行器空投到诺亚斯克山区，SNAKE成功降落到地面。由于官方档案中SNAKE已经死亡，因此一切武器装备OSP。SNAKE的此次行动被称为“食蛇者（SNAKE EATER）”行动，大体目标为搜集证据以证明几天前的核爆与美国无关。此时SNAKE已经带上了THE BOSS的那条头带。
SNAKE刚刚空降不久便遇到THE BOSS。THE BOSS将SNAKE打倒之后用步枪击毁了SNAKE所乘坐的D-21飞行器。THE BOSS和SNAKE谈到了关于国家忠诚的问题。随后THE BOSS便骑马扬长而去。
SNAKE走到一个河流之中，并用鳄鱼头成功躲避了单人飞行器的追赶，
SNAKE与OCELOT遭遇，此时的OCELOT已经使用了左轮手枪，但再次败在SNAKE手下。
EVA叛变，SNAKE在丛林中遇到了EVA。SNAKE与EVA成功潜入守卫METAL GEAR的基地，并夺取了一个重要装置（很可能是类似MGS中的PAL之类的关键道具），最后乘坐三轮摩托车逃离，因此遭遇GRU的穷追不舍，OCELOT驾驶摩托车，上校驾驶METAL GEAR对SNAKE和EVA进行追赶。最后SNAKE成功逃离基地并进入丛林。
SNAKE再次到达那个吊桥时被上校埋伏在此的GRU部队发现，并被带回，SNAKE被上校一顿暴打后接受审讯，并被挖去右眼。
SNAKE设法成功逃脱，并来到之前那个河流之中，遭遇轰炸机的袭击，但成功逃脱，最后成功摧毁了METAL GEAR。任务完成之后被授予BIG BOSS称号。
1969年7月20日 人类登月
1991年 苏联解体，负责研发核武器和METAL GEAR的Chelyabinsk-70研究所被卖给了美国人，其所拥有的技术被后来用来制作二足步行战车，即真正METAL GEAR。
2009年 ？月？日 SOLID SNAKE与OTACON被政府逮捕
2009年 ？月？日 SOLID SNAKE使用HALO式跳伞潜入诺亚斯克山区，任务目标不明。
剧情重点疑问
三次行动的真正时间：
首先，我们可以确定，MGS3中至少有两次潜入任务，一次是通过HALO跳潜入，一次是通过D-21发射方式潜入。其中第1次已经经过玩过试玩版的人证实为1964年8月24日，而之后苏联总理与美国总统便进行了直通电话，几天之后发生了发射潜入的行动。因为在E32004的宣传片里有一句台词“白宫几天前接到了一个特殊的电话，是两国首脑的直通电话”，而这个直通电话正是德国游戏展里宣传片的开头，其中提到了一次核爆炸，也就是上校在直升机上发射的那颗核弹。我们在E32004的最后可以看到SNAKE亲眼目睹了这场爆炸，而次时他还没有戴上头带。根据德国电玩展的宣传片推测，我们可以知道这条头带是由THE BOSS交给他的。这说明什么呢？这场核爆炸发生在第1次HALO跳的行动里，所以第2次发射潜入的行动应该在第1次行动后的直通电话的几天之后。而发射潜入的这次行动的任务目标应该是收集证据以确定那次爆炸与美国无关，因为在E32004的最开始有这么一句话“你需要证明这件事与美国政府无关”。
那么，很多人可能会产生疑问，这些台词明明出现在HALO跳之前，那么为什么我说他是第2次潜入行动的台词呢？玩过试玩版的人都清楚，预告片中有几句话是试玩版里没有的，分别是“你需要证据证明这件事与美国政府无关”“你的失败将会导致一场新的世界大战”和“白宫几天前接到了一个特殊的电话，是两国首脑的直通电话”，这几句台词显然应该是第2次行动的台词。而德国电玩展中又有一句和之前重复的话是“你的任务是潜入苏联并成功把索科落夫博士带回来”，这显然是不太可能的，因为在前1次行动中索科落夫博士已经被GRU带走，现在再去把他就出来显然可能性不大。那么很有可能是小岛在预告片中将这两个行动的部分台词进行了替换和更改。
那么，这两次行动的代号是什么呢？在E32004中，HALO跳的代号是“SNAKE EATER”，但在试玩版中行动代号却是COMMENCING VIRTUOUS MISSION，而在德国电玩展中发射潜入的代号居然也是“SNAKE EATER”，那么很显然，真正的SNAKE EATER行动只有1次，那么HALO跳那次就变的十分可疑了。因此，个人感觉HALO跳的代号应该是COMMENCING VIRTUOUS MISSION，而发射潜入的行动代号才是SNAKE EATER。
另外，还有一个证据可以证明这1点，在试玩版的开场动画中有这么一句话“算上运输机备用舱的油料，我们有4个小时的时间。”MGS系列的游戏时间都应该在8个小时左右，那么这4个小时肯定不够用。因此，联系游戏中的副标题，SNAKE真正大显身手的时刻应该是第2次发射潜入的行动“SNAKE EATER”。
至于我为什么要在最后里加入SOLID SNAKE的剧情呢？众所周知，MGS2的剧情并没有完全结束，LIQUID驾驶的RAY依然逍遥法外，我们对爱国者的真实身份也完全不清楚，小岛已经说过MGS3将会把系列里一切的问题全部解释清楚，那么这些问题肯定会得到一一解答的。至于我为什么说有1次潜入是SOLID SNAKE在2009年完成的呢？原因有以下：
1．在E32004中，SNAKE在HALO跳之后有一段从2009倒退到1964的数字，由于MGS系列的世界观是十分严谨的，所以时间机器的出现几率几乎为零，那么唯一的解释就是2009年和1964年同时发生了HALO跳潜入诺亚斯克山区的时间。如果第1次是BIG BOSS完成的，那么第2次和显然就是SOLID SNAKE完成的了。
2．在E32003的宣传片中，HALO跳之后SNAKE的动作和BIG BOSS有很多不同，其中最明显的一个区别就是这个时候的SNAKE带着头带，根据前面的剧情分析，BIG BOSS在“正义作战行动”中显然是没有带头带的，那么这段动画中的人物自然就是SOLID SNAKE。
3．也是在E32003中，有一段十分恶搞的关于GTA的对话各位应该还记忆犹新，虽然小岛证实了那段对话是为了E3而特别制作的，但这并没有否认佐佐木的登场。也就是说，万年厕所男在MGS3中依然有戏份！那么和他对话的那个人自然就是SOLID SNAKE了！
基于以上分析，我们可以确定，SOLID SNAKE在2009年在诺亚斯克山区里有1次潜入行动。那么以他和OTACON所属的“慈善组织”的实力显然不足以发动这次行动。那么很可能就是SOLID SNAKE被逮捕之后才发生的这次行动。
那么小岛这样做的目的是什么呢？初次公布MGS3时，小岛一方面强调本作的时间发生在60年代，又强调本作的主角是SOLID SNAKE。由于SS的外貌和BB是完全相同的，而两次行动发生的地点又都是诺亚斯克山区，穿的都是迷彩服装，都是用HALO跳，那么在不触及一些敏感问题的情况下两者几乎完全一样，因此两者的剧情完全可以张冠李戴而不被发现。但由此也带来了一个问题：如果各位在看过一段过场之后发现自己手中的老式手枪变成了SOCOM，或者是原本进行支援的TOM少校变成了CAMBELL，一定会马上识破诡计。也许SS的那次行动很可能只会发生在剧情动画当中。也就是说MGS3的剧情很可能是分段式的，“正义作战行动”和“食蛇者行动”相当于TANKER和PLANT之间的关系，而SS在2009年的潜入行动则单纯以过场动画的形式穿插于“食蛇者行动”当中，用来讲述MGS2未完结的故事。
即将发售的MGS2的假廉版中SOL和SUBSTANCE会收录不同的MGS3关卡，个人认为一个是“正义作战行动”，一个是“食蛇者行动”
FOX和HOUND与FOXHOUND
关于FOX，各位 已经很熟悉了，这只部队由THE BOSS创建，而且也正是NAKED SNAKE所在的部队（他的上司是TOM少校，就是那个脸上带疤的军官）。至于HOUND？（在游戏中，HOUND是仅次于BIG BOSS和FOX的最强称号）在德国电玩展中有一句台词：“你是说FOX部队将最后被消灭？”“不，狐狸还将比猎犬更快1步”，这说明HOUND和FOX属于对手戏的地位，那么FOX是美国的特种部队，那么HOUND就应该是前苏联的间谍组织。至于FOXHOUND，我们可以简单的将其理解为FOX+HOUND，也就是说FOXHOUND是FOX和HOUND在冷战之后合并的部队。
THE BOSS的叛变
THE BOSS的叛变到底是真是假？从他多次帮助SNAKE的情节来看，她应该是属于诈降，但他和SNAKE在E32004最后里的那场对话中，她那种认真的态度又让人认为他是真正的投靠了苏联。她到底是不是真正叛变了苏联？恐怕在游戏发售之前我们是不会知道答案了。
另一位和SNAKE一起空投到诺亚斯克山区的士兵
在试玩版的开场中我们可以看到在运输机机舱里一位和SNAKE同样带着面罩的士兵，他是谁？
GRU上校的野心
在预告片中那个多次出现的满脸伤疤的苏联军官，他是GRU的上校，而且他似乎是对METAL GEAR最感兴趣的人，他到底要干什么？首先他得到了THE BOSS的核弹头，之后对OKB-754研究所发动了突然袭击夺取了METAL GEAR，之后由在吊桥上利用THE BOSS把SNAKE打倒并带走了索科洛夫博士，然后在直升机上将核弹头发射到OKB-754杀人灭口（这也可以很好的解释OCELOT的那句话“上校，即使他们是我们的敌人，他们依然还是我们的同胞啊”），将所有知情者全部蒸发。最后禀报赫鲁晓夫宣称这次核爆炸是美国人所为，而保护METAL GEAR的重任也落到了他的手上。他之所以这么做是为了得到METAL GEAR，将世界导入混乱之中并最终夺取国家大权。
而至于OCELOT呢？他显然率领SPETSNAZ与GRU进行了合作，但个人推测他最后还是背叛了苏联投靠了美国。在MGS和MGS2中有两段和本作关系十分密切的台词：
MGS：在第2次电刑审讯SNAKE的时候，OCELOT说过：“我是GRU培养出来的精英，我可不像克格勃的那伙脓包。”
MGS2：在TANKER 篇里，OCELOT对格鲁科维奇说过：“早在冷战期间我就抛弃了苏联母亲”
也许OCELOT和爱国者之间还有十分密切的关系，这些我们就只能等到游戏发售之后才能知晓了-----
另外，片头设计者COOPER还说过：“我们要在片头里选择一个象征物，在这里我们选择了一个蛇骨——这意味着很多东西。首先，游戏中的SNAKE要吃蛇，那么吃玩蛇后剩下的自然就是骨头了。另外，这还和圣经里那只被称为间谍老祖宗的蛇有关系——人们可以说它已经死了，也就是说它不可以再伤害任何人了。但现在蛇骨依然在执行着自己的任务——他依然是致命的。也就是说SNAKE原来以为是错误的事情现在变成了正确的，原来以为正确的事情现在却变成了错误的。整个蛇骨寒气逼人，很好的向我们表达了这些主题”
当时很多人都认为这骨头是指BIG BOSS，但其实根据MGS3剧情分析，应该是指NAKED SNAKE，也就是说在正义作战行动中记录已经死亡的SNAKE。（最新的预告片中，SNAKE还涂了骷髅迷彩，寒一个-----）虽然有FOX在先，所以要让死人复活不是什么难事，但BIG BOSS已经是一个老头子了，要复活他根本没有什么价值------ |
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